Projet sur les agents de lutte microbiens

Catégories de la base de données sur la spécificité des toxines

Références

1. Référence de l’article ou des travaux inédits.

Désignation du gène

2. Nouveau nom : Nomenclature selon la liste de Crickmore.

3. Ancien nom : Nomenclature selon Hofte et Whiteley.

4. Numéro d’entrée : Numéro d’entrée dans la banque de gènes.

Souche parentale

5. Sérotype, isolat : Désignation du sérotype de B. thuringiensis (B.t.), si on le connaît, et numéro ou désignation de l’isolat.

6. Souchothèque : Souchothèque d’où provient l’isolat OU l'endroit où il a été déposé.

Préparation de la toxine

7. Hôte d’expression : organisme dans lequel les gènes individuels ont été exprimés comme protéines recombinantes. Si des essais ont été effectués sur des toxines purifiées à partir de souches de gènes individuels, l’hôte d’expression correspond à la souche parentale, et on l’indique par une *.

Certains hôtes d’expression couramment utilisés : 

  • E. coli
  • P. fluorescens
  • B. subtilis
  • B. megaterium
  • B. cereus
  • B.t. kurstaki HD-1 cry-
  • B.t. kurstaki HD-73 cry-

8. Extraction des corps d’inclusion : méthode utilisée pour lyser la membrane des cellules et récupérer les inclusions protéiques.

Catégories :

  • extrait acellulaire (toxines excrétées)
  • autolyse (protéines exprimées par Bacillus)
  • sonication
  • lysozyme
  • cellules entières (pas d’extraction)
  • presse Aminco-French
  • congélation-décongélation + sonication
  • congélation-décongélation + lysozyme
  • sonication + lysozyme
  • presse Aminco-French + lysozyme
  • autres combinaisons (veuillez préciser)

9. Purification des corps d’inclusion : méthode utilisée pour purifier la préparation de corps d’inclusion au-delà des étapes habituelles de la centrifugation et des lavages répétés.

Catégories :

  • Gradient de densité (centrifugation sur n’importe quel gradient, y compris de rénografine, de sucrose, de NaBr ou de CsCl, pour séparer les corps d’inclusion des spores).
  • Recristallisation (dénaturation suivie d’une dialyse pour permettre la recristallisation).

10. Solubilisation : spécification du type de tampon, du pH et des agents réducteurs utilisés pour solubiliser les inclusions protéiques.

11. Activation : spécification du système enzymatique utilisé pour convertir les protoxines en toxines activées. Si l’activation s’est faite par incubation des corps d’inclusion intacts dans un tampon à pH élevé, préciser de quel tampon il s’agissait.

Certains systèmes d’activation couramment utilisés :

  • trypsine
  • chymotrypsine
  • sécrétions intestinales d’insectes de diverses espèces. 

12. Purification de la toxine : méthode employée pour purifier les protoxines ou les toxines activées en solution.

Catégories :

  • précipitation
  • dialyse
  • colonne (chromatographie)
  • colonne + dialyse
  • colonne + précipitation
  • précipitation + dialyse
  • précipitation + colonne
  • précipitation + dialyse + colonne
  • autres combinaisons (veuillez préciser)

13. Protéines totales : Méthode analytique utilisée pour estimer le contenu total en protéines des corps d’inclusion ou de la préparation de toxine.

Catégories :

  • Bradford (Biorad)
  • BCA
  • Lowry
  • Adsorbance 280
  • électrophorèse PAGE en présence de SDS
  • autres (veuillez préciser) 

14. Toxines protéiques : Méthode analytique employée pour estimer le contenu en toxines protéiques des corps d’inclusion ou de la préparation de toxine. 

  • densitométrie
  • ELISA
  • électrophorèse PAGE en présence de SDS (estimation visuelle)
  • Bradford (dans le cas des préparations de toxine hautement purifiées)
  • Absorbance 280
  • autres (veuillez préciser) 

Insecte cible

15. Espèce nuisible visée : 

  • Taxonomie : Ordre, famille, genre, espèce, nom commun.
  • Souche : sélectionnée par opposition à non sélectionnée; si l’on a sélectionné une souche résistante, préciser contre quels produit ou toxine. Exemple : Plutella xyostella (espèce résistante au Dipel), Spodoptera exigua (espèce résistante à cry1C).

16. Stade : 

  • adulte
  • néonate
  • L1 (premier stade larvaire)
  • L2 (deuxième stade larvaire), etc.
  • âge en jours 

Dosage biologique :

17. Type : 

  • en mélange avec la nourriture (toxine incorporée aux aliments).
  • à la surface des aliments (contamination superficielle).
  • à la surface des feuilles (toxine appliquée sur le feuillage).
  • immersion des feuilles (feuilles plongées dans une suspension).
  • gavage (ingestion forcée).
  • ingestion volontaire (diptères adultes, aquatiques).
  • autres (veuillez préciser).

18. Durée : Durée des essais (en jours).

19. Température : température lors des essais.

20. Paramètres : paramètre utilisé pour évaluer l’effet de la toxine : 

  • mortalité
  • poids
  • sciure et excréments
  • pupaison 

Toxicité

21. Pente : courbe dose-réponse – pente de la régression.

22. DE50 : concentration ou dose efficace à 50 %, exprimée comme suit : 

  • DE50 (limite inférieure - limite supérieure) (intervalle de confiance à 95 % entre parenthèses).
  • DE50 ± écart-type (moyenne et écart-type dans le cas d’essais répétés).
  • x1 - x2 (valeurs limites encadrant la DE50 attendues).
  • > x1 (DE50 supérieure à cette valeur).

23. DE90 ou DE95 : dose létale à 90 ou 95 %.

24. Unités : unités utilisées pour exprimer la DE :

  • cellules/cm2 (cultures de cellules entières).
  • ng cellules/cm2 (cultures de cellules entières).
  • ng/cm2 (à la surface .des feuilles ou des aliments).
  • ng/ml (en mélange avec la nourriture, immersion des feuilles, milieu aquatique, à la surface des aliments).
  • ng/larve (gavage, à la surface des feuilles ou des aliments).
  • autres (veuillez préciser).

25. Données qualitatives : 

  • non actif
  • actif
  • faible activité
  • activité intermédiaire
  • forte activité
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Comment utiliser la base de données

Statut du projet

  • En cours