Publications du Service canadien des forêts
Improved detection and identification of the sudden oak death pathogen Phytophthora ramorum and the Port Orford cedar root pathogen Phytophthora lateralis. 2019. Feau, N., Ojeda, D. I., Beauseigle, S., Bilodeau, G.J., Brar, A., Cervantes‐Arango, S., Dale, A.L., Dhillon, B., Hammett, C., Herath, P., Shamoun, S.F., Tsui, C.K.M., Tanguay, P., Hamelin, R.C. Plant Pathology. 68:878-888.
Année : 2019
Disponible au : Centre de foresterie du Pacifique
Numéro de catalogue : 39813
La langue : Anglais
Disponibilité : PDF (télécharger)
Disponible sur le site Web de la revue ou du journal. †
DOI : 10.1111/ppa.13015
† Ce site peut exiger des frais.
Résumé en langage clair et simple
L’objectif de cet article de recherche est de développer une méthode de détection et d’identification améliorée basée sur la génomique de deux pathogènes forestiers exotiques envahissants – le Phytophthora ramorum (agent causal de la mort subite du chêne) et le Phytophthora lateralis (agent causal de la maladie de la pourriture racinaire du cèdre de Port-Orford). Dans cette étude, nous avons appliqué ce pipeline pour élaborer un ensemble d’essais hiérarchiques de détection TaqMan par CC en temps réel ciblant l’ADN des quatre lignées de P. ramorum et d’une espèce étroitement apparentée, le P. lateralis. Neuf essais ont été générés : trois ciblant l’ADN de toutes les lignées de P. ramorum, un pour chaque lignée de P. ramorum, un pour le P. lateralis et un ciblant l’ADN du P. ramorum et du P. lateralis. Ces essais se sont révélés très précis et sensibles, avec une précision de détection de 98,7 % à 100 % de 2 à 10 copies de gènes des taxons ciblés à partir de cultures pures ou de tissus inoculés. Ce niveau de sensibilité se situe dans la limite théorique la plus basse de détection de l’ADN. Ces essais seront utiles en raison de leur haut niveau de spécificité pour détecter et identifier avec précision le P. ramorum et le P. lateralis. La détection précoce est le meilleur moyen de prévenir l’introduction et l’établissement de pathogènes végétaux exotiques dans les écosystèmes forestiers urbains et naturels du Canada.
