Publications du Service canadien des forêts

Over 2.5 million COI sequences in GenBank and growing. 2018. Porter, T.M.; Hajibabaei, M. PLoS ONE 13(9): e0200177.

Année : 2018

Disponible au : Centre de foresterie des Grands Lacs

Numéro de catalogue : 39385

La langue : Anglais

Disponibilité : PDF (télécharger)

Disponible sur le site Web de la revue ou du journal.
DOI : 10.1371/journal.pone.0200177

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Résumé en langage clair et simple

La popularité croissante de la technique d’identification par métacode-barres de l’ADN de la sous-unité 1 du gène de la cytochrome c oxidase (gène COI) mérite d’accorder une attention particulière aux bases de données de référence fondamentales utilisées pour définir des attributions taxinomiques à haut rendement. La présente étude vise à documenter les tendances et évaluer la future exploitabilité des entrées de gène COI aux fins d’identification par métacode-barres. Le nombre de gènes COI consignés dans la base de données des nucléotides du NCBI a augmenté selon une moyenne géométrique de 51 % par an, en passant de 8 137 entrées consignées en 2003 à un total cumulé d’environ 2,5 millions d’entrées en fin d’année 2017. Pour s’assurer de la future exploitabilité des entrées de gène COI dans GenBank, nous suggérons : 1) d’améliorer la représentation géographique des gènes COI, 2) d’améliorer le recoupement des gènes COI dans le Barcode of Life Data System et GenBank pour faciliter leur consolidation et leur incorporation dans les outils bioinformatiques existants, 3) de respecter les lignes directrices relatives à l’information minimale d’une séquence de gènes marqueurs, et 4) d’intégrer les métacode-barres établis à partir de l’ADN environnemental et d’études communautaires mixtes aux séquences de référence existantes. Les entrées de gène COI de référence ont connu une forte croissance au cours des 15 dernières années et sont susceptibles de devenir une ressource dans de nombreux domaines pour les années à venir.