Publications du Service canadien des forêts

Detection of Diplodia corticola spores in Ontario and Québec based on High Throughput Sequencing (HTS) methods. 2018. Bérubé, J.A.; Gagné, P.N.; Ponchart, J.P.; Tremblay, É.D.; Bilodeau, G.J. Can. J. Plant Pathol. 40: 378-386.

Année : 2018

Disponible au : Centre de foresterie des Laurentides

Numéro de catalogue : 39279

La langue : Anglais

Disponibilité au SCF : PDF (demande par courriel)

Disponible sur le site Web de la revue ou du journal.
DOI : 10.1080/07060661.2018.1498394

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Abstract

En tout, 252 échantillons de spores aéroportées ont été collectés au Québec et en Ontario dans le cadre d’un vaste programme de recherche sur l’aérobiologie des spores fongiques. Les échantillons ont été collectés sur les 95 tiges, enduites d’une substance collante, de collecteurs de spores à bras rotatifs et sur les 157 filtres de capteurs d’eau pluviale passifs. L’ADN des échantillons a été amplifié par PCR en fonction de la région de l’ITS ribosomique fongique et séquencé en recourant à la méthode de séquençage à grande échelle. Après avoir procédé à l’analyse bio-informatique des séquences d’ADN, Diplodia corticola, un agent pathogène forestier émergent en Amérique du Nord, a été décelé. En tout, 313 lectures de séquences d’ADN de spores aéroportées de D. corticola ont été trouvées dans le jeu de données Illumina et 199 lectures de séquences d’ADN ont été obtenues du jeu de données Ion Torrent. L’ADN de D. corticola a été trouvé à 16 des 32 sites échantillonnés, toujours moins de 10 lectures par site, sauf pour 3 sites — Québec, Aylmer et Ottawa — où 287, 125 et 73 lectures d’ADN, respectivement, ont été détectées. Il ne s’agit pas d’une première mention de D. corticola causant une maladie chez les arbres au Canada, puisqu’on n’a pas trouvé d’arbres symptomatiques. Généralement, comme plusieurs autres espèces de la famille des Botryosphaeriaceae, cet agent pathogène fongique est considéré comme un endophyte opportuniste capable de vivre sans provoquer de symptômes pendant plusieurs années avant que des conditions propices lui permette de s’afficher en tant qu’agent pathogène. Sa présence en tant qu’organisme isolé dans presque la moitié des sites au Québec et en Ontario peut résulter de la dispersion, sur de longues distances, des spores provenant de sites infectés connus au Massachusetts et au Maine ainsi que de sites inconnus du nord-est des États-Unis. Toutefois, les nombres de lectures substantiellement plus élevés dans trois sites peuvent indiquer que quelques arbres asymptomatiques infectés disséminent localement des conidies.

Résumé en langage clair et simple

À partir d’analyses bioinformatiques des séquences d’ADN, les chercheurs ont détecté la présence au Canada de Diplodia corticola, un agent pathogène des arbres en Amérique du Nord. Dans la moitié des 32 sites étudiés au Québec et en Ontario, l’agent pathogène a été détecté à un faible taux, à l’exception de trois sites, soit Québec, Aylmer et Ottawa, où le taux de détection était plus élevé. La présence de l’agent pathogène dans la moitié des sites peut être le résultat de la dispersion sur de longues distances de spores qui originent du Massachussetts, du Maine et d’autres sites du nord-est des États-Unis. Cependant, les trois sites avec un plus haut taux de présence d’ADN indiquent la possibilité que quelques arbres soient infectés à proximité de ces sites et libèrent des spores localement.

Diplodia corticola est un champignon pathogène forestier qui s’attaque aux chênes. Il est virulent sur les arbres infectés, mais ne semble pas se transmettre facilement sur les arbres environnant. Pour cette raison, nous ne nous attendons pas à une épidémie majeure et dévastatrice pour l’instant.