Publications du Service canadien des forêts

Scaling up: A guide to high throughput genomic approaches for biodiversity analysis. 2018. Porter, T.M.; Hajibabaei, M. Molecular Ecology 27(2): 313-338.

Année : 2018

Disponible au : Centre de foresterie des Grands Lacs

Numéro de catalogue : 39095

La langue : Anglais

Disponibilité : PDF (télécharger)

Disponible sur le site Web de la revue ou du journal.
DOI : 10.1111/mec.14478

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Résumé en langage clair et simple

Le présent article vise à exposer les nouvelles méthodes ainsi que les méthodes les plus courantes basées sur l’ADN utilisées pour générer des données aux fins d’études sur la biodiversité et la veille biologique. Comme les programmes d’évaluation et de surveillance environnementales nécessitent parfois des renseignements sur la biodiversité à différents stades, nous accordons une attention toute particulière à la méthode de métacodes à barre de l’ADN et discutons de nombreux outils bio-informatiques et d’éléments desquels pour produire des indicateurs basés sur l’ADN en utilisant des unités taxinomiques opérationnelles, des taxons à différents niveaux de classification et la composition de la communauté. En développant la capacité d’exploiter les avantages que les nouvelles technologies procurent, les chercheurs peuvent renforcer leurs recherches en augmentant le nombre d’échantillons et de répliques traités, la fréquence d’échantillonnage dans le temps et l’espace, et même la profondeur de l’échantillonnage, par exemple en séquençant davantage de lectures ou de marqueurs par échantillon. La capacité de renforcer les recherches est possible en réduisant le temps et le coût de manipulation par échantillon grâce aux plus récentes trousses et plateformes, et aux outils logiciels. Les résultats obtenus à partir de la veille à grande échelle donneront l’occasion de traiter les questions scientifiques essentielles liées à la biodiversité et à ses dynamiques dans le temps et l’espace, tout en étant pertinents pour permettre aux décideurs de prendre des décisions scientifiques. Ils auront également de fortes répercussions socio-économiques. Les approches génomiques étant en constante évolution, nous fournissons un guide des méthodes utilisées dans la génomique de la biodiversité.