Publications du Service canadien des forêts

Automated high throughput animal CO1 metabarcode classification. 2018. Porter, T.M.; Hajibabaei, M. Scientific Reports 8: 4226.

Année : 2018

Disponible au : Centre de foresterie des Grands Lacs

Numéro de catalogue : 39094

La langue : Anglais

Disponibilité : PDF (télécharger)

Disponible sur le site Web de la revue ou du journal.
DOI : 10.1038/s41598-018-22505-4

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Résumé en langage clair et simple

Jusqu’à maintenant, il a été difficile d’attribuer un nom aux séquences de code à barres des animaux directement isolées de l’ADN électronique de manière rapide et continue, ce qui a donné un sentiment de confiance pour chaque attribution. En vue de combler cette lacune, nous avons compilé presque un million de séquences de codes à barres d’ADN de gènes marqueurs adaptées au classement des cordées, des arthropodes et des membres phares d’autres groupes importants d’eukariotes. Nous démontrons que la classification bayésienne naïve du RDP peut attribuer le même nombre de requêtes 19 fois plus vite que la célèbre méthode BLAST et réduire le faux taux positif de deux tiers. À mesure que les bases de données de référence deviennent plus représentatives de la diversité actuelle des espèces, la confiance dans les attributions taxinomiques devrait continuer de s’améliorer. Nous recommandons que les chercheurs puissent améliorer l’efficacité des attributions des catégories d’espèces immédiatement en complétant les bases de données de référence existantes avec les séquences entières de codes à barres de l’ADN à partir des représentants de la faune locale.