Publications du Service canadien des forêts

Transcriptome analysis of the emerald ash borer (EAB), agrilus planipennis: de novo assembly, functional annotation and comparative analysis. 2015. Duan, J.; Ladd, T.; Doucet, D.; Cusson, M. van Frankenhuyzen, K.; Mittapalli, O.; Krell, Quan, G. PlosOne DOI: 10.1371/journal.pone.0134824.

Année : 2015

Disponible au : Centre de foresterie des Grands Lacs

Numéro de catalogue : 36455

La langue : Anglais

Disponibilité au SCF : PDF (demande par courriel)

Disponible sur le site Web de la revue ou du journal.
DOI : 10.1371/journal.pone.0134824.

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Résumé en langage clair et simple

L’agrile du frêne est un ravageur qui s’alimente de phloème sur les frênes. Depuis sa découverte initiale près de Detroit (É.-U.) et Windsor (Canada) en 2002, la propagation de l’agrile du frêne a eu d’importantes répercussions négatives sur les plans économique, social et environnemental dans les deux pays. Plusieurs transcriptomes provenant de tissus particuliers, notamment du tube digestif, du corps adipeux et des antennes ont récemment été produits. Cependant, la profondeur de la séquence, la couverture du gène et l’exhaustivité plutôt faibles ont limité l’utilité des bases de données sur l’agrile du frêne. Dans cette étude, nous avons adopté la technologie de séquençage de l’ARN à haut débit et à faible coût, appelée « RNA-seq », pour séquencer en profondeur l’ensemble des transcriptomes, notamment les larves, les pupes, les adultes et les tubes digestifs des larves et des adultes. Un transcriptome de référence a été reconstitué par assemblage de novo; tous les transcriptomes ont ensuite fait l’objet d’une annotation des gènes. Grâce à des recherches dans la base de données publique, 11 229 gènes uniques ont été annotés. L’assemblage du transcriptome de l’agrile du frêne a été comparé à 13 autres espèces d’insectes séquencées, entraînant la prévision de 536 gènes uniques propres aux coléoptères. De plus, 1 167 gènes uniques exprimés différemment ont été identifiés à partir des tubes digestifs des larves et des adultes. Cette étude apporte l’une des ressources de transcriptomes les plus complètes et essentielles disponibles à ce jour. L’identification des gènes uniques propres au tissu, au stade ou à l’espèce profitera aux prochaines études sur les fonctions du gène et le développement de réactifs de lutte antiparasitaire chez l’agrile du frêne et autres insectes ravageurs.