Publications du Service canadien des forêts

Comparative genome sequence analysis of Choristoneura occidentalis Freeman and C. rosaceana Harris (Lepidoptera: Tortricidae) Alphabaculoviruses. 2013. Thumbi, D.K.; Béliveau, C.; Cusson, M.; Lapointe, R.: Lucarotti, C.J. PLOS One 8(7):e68968.

Année : 2013

Disponible au : Centre de foresterie de l'Atlantique

Numéro de catalogue : 34842

La langue : Anglais

Disponibilité au SCF : PDF (télécharger)

Disponible sur le site Web de la revue ou du journal.
DOI : 10.1371/journal.pone.0068968

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Abstract

Nous avons déterminé et comparé entre elles les séquences génomiques complètes des nucléopolyhédrovirus (NPV) du Choristoneura occidentalis et du C. rosaceana, soit le ChocNPV et le ChroNPV, respectivement (Baculoviridae : Alphabaculovirus). Nous avons également comparé leurs génomes à celui d’autres baculovirus, dont le NPV du C. fumiferana (CfMNPV). Le génome du ChocNPV compte 128 446 pb (1 147 pB de moins que celui du CfMNPV); il a une teneur en G+C de 50,1 % et comprend 148 cadres de lecture ouverts (ORF). Par comparaison, le génome du ChroNPV compte 129 052 pb, a une teneur en G+C de 48,6 % et comprend 149 ORF. Les virus ChocNPV et ChroNPV ont 144 ORF en commun et 77 % d’identité de séquence l’un avec l’autre. De plus, ils présentent respectivement 96,5 % et 77,8 % d’identité de séquence avec le CfMNPV. Cinq régions homologues (hrs), avec des séquences similaires à celles du CfMNPV, ont été identifiées chez le ChocNPV. Quant au ChroNPV, son génome compte trois hrs qui comprennent jusqu’à 14 répétitions. Le génome des deux virus (ChocNPV et ChroNPV) code trois inhibiteurs de l’apoptose (IAP 1, IAP 2 et IAP 3), tout comme celui du CfMNPV, et chez le ChocNPV, le gène codant l’IAP 3 est la région fonctionnelle du génome la plus différente par rapport au génome du CfMNPV. Deux ORF sont exclusifs au ChocNPV et quatre, exclusifs au ChroNPV. Le cadre de lecture ouvert chronpv38 du ChroNPV est un homologue du facteur d’initiation 5 des eucaryotes (eIF-5). Cet homologue, qui a aussi identifié chez le granulovirus du C. occidentalis (ChocGV), proviendrait d’un transfert de gène horizontal de l’hôte. D’après le pourcentage d’identité de séquence et l’analyse phylogénétique, les virus ChocNPV et ChroNPV appartiendraient aux alphabaculovirus du groupe I. Enfin, le ChocNPV semble plus étroitement apparenté au CfMNPV que le ChroNPV. Selon nos analyses, le ChocNPV et le CfMNPV seraient des variants de la même espèce de virus.

Résumé en langage clair et simple

Les baculovirus sont des agents pathogènes des insectes. Ils sont caractérisés par des particules virales en forme de bâtonnet insérées dans des corps d’inclusion, qui sont constitués de protéines et produits tard dans le cycle de réplication du virus. Les corps d’inclusion se composent soit de polyédrine, soit de granuline, d’où le nom des deux catégories de baculovirus : nucléopolyédrovirus (NPV) et granulovirus (GV). La tordeuse occidentale de l'épinette (Choristoneura occidentalis) est un important insecte défoliateur qui s’attaque au douglas et à d’autres conifères à l’ouest des Rocheuses. La tordeuse à bandes obliques (C. rosaceana) est un insecte nuisible qui cause d’importantes pertes économiques dans les cultures d’arbres fruitiers partout en Amérique du Nord. Les séquences génomiques complètes des NPV de la tordeuse occidentale de l'épinette et de la tordeuse à bandes obliques (appelés respectivement ChocNPV et ChroNPV) ont été déterminées puis comparées entre elles et comparées aux séquences d’autres baculovirus. De nombreuses similitudes de séquence ont été observées entre les génomes du ChocNPV et du ChroNPV ainsi qu’entre ces génomes et celui du NPV de la tordeuse des bourgeons de l'épinette (C. fumiferana), appelé CfMNPV. Le génome du ChocNPV s’est révélé plus étroitement lié au CfMNPV qu’au ChroNPV. Les analyses laissent croire que le ChocNPV et le CfMNPV pourraient être des variantes de la même espèce de virus. Des études génomiques portant sur les baculovirus touchant les insectes du genre Choristoneura ont fourni des renseignements importants sur la prévalence et le rôle des infections à baculovirus chez différentes espèces du genre Choristoneura ainsi que sur les relations phylogénétiques entre ces virus et leurs hôtes.