Publications du Service canadien des forêts

Wolbachia and DNA barcoding insects: patterns, potential, and problems. 2012. Smith, M.A.; Bertrand, C.; Crosby, K.; Eveleigh, E.S.; Fernandez-Triana, J.; Fisher, B.L.; Gibbs, J.; Hajibabaei, M.; Hallwachs, W.; Hind, K.; Hrcek, J.; Huang, D.-W.; Janda, M.; Janzen, D.H.; Li, Y.; Miller, S.E.; Packer, L.; Quicke, D.; Ratnasingham, S.; Rodriguez, J.; Rougerie, R.; Shaw, M.R.; Sheffield, C.; Stahlhut, J.K.; Steinke, D.; Whitfield, J.; Wood, M.; Zhou, X. PlosOne 7(5): e36514. doi: 10.1371/journal/pone.0036514.

Année : 2012

Disponible au : Centre de foresterie de l'Atlantique

Numéro de catalogue : 33612

La langue : Anglais

Disponibilité : PDF (demande par courriel)

Disponible sur le site Web de la revue ou du journal.
DOI : 10.1371/journal.pone.0036514

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Résumé

Les microorganismes du genre Wolbachia sont des endosymbiotes bactériens qui influent sur le système de reproduction de leurs hôtes. Wolbachia peut brouiller les profils de variation mitochondriale, y compris les codes-barres génétiques, en raison de ses effets sur les voies de transmission héréditaire des mitochondries. Nous avons voulu déterminer dans quelle mesure ces endosymbiotes étaient détectés par les épreuves courantes visant à établir le code-barres génétique. Nous avons aussi évalué leurs effets sur la divergence des séquences chez les insectes et sur la fiabilité de l’identification, et examiné la variation observée dans le gène de Wolbachia codant la COI. Les essais PCR standard (protéine de surface de Wolbachia) et l’analyse des fragments bactériens du gène codant la COI ont révélé la présence de Wolbachia dans les extraits de génomes complets d’insectes créés pour la construction d’une banque de codes-barres génétiques. L’examen dans le système BOLD (Barcode of Life Database) de plus de 2 millions de courbes de séquençage du gène de la COI provenant d’insectes nous a permis de constater la présence du gène de Wolbachia codant la COI dans 0,16 % des cas. Il est possible de produire le gène de la COI de Wolbachia au moyen d’amorces de gènes d’insectes standard; toutefois, cet amplicon n’a jamais été confondu avec le gène de l’hôte codant la COI. Les allèles de Wolbachia qui ont été récupérés appartenaient principalement au supergroupe A et étaient largement répartis sur les plans géographique et phylogénétique. Nous avons conclu qu’il est peu probable que la présence de l’ADN de Wolbachia dans les extraits de génomes complets d’insectes compromette la fiabilité de la banque de codes-barres génétiques; en fait, la capacité d’interrogation de cette banque d’ADN (la base de données et les extraits) pour les endosymbiotes est l’un des avantages connexes d’une initiative d’une telle envergure – nous en présentons d’ailleurs plusieurs exemples. À notre avis, les essais courants servant à la détection et au typage de Wolbachia peuvent et devraient être adoptés dans le cas d’initiatives de détermination des codes-barres menées à grande échelle chez les insectes. Même si le gène de la COI est l’un des cinq gènes déterminés par typage génomique multilocus (multi-locus sequence typing [MLST]) utilisés pour classer Wolbachia, le chevauchement avec la région du code-barres génétique des eucaryotes est limité.