Publications du Service canadien des forêts

An efficient single nucleotide polymorphism assay to diagnose the genomic identity of poplar species and hybrids on the Canadian prairies. 2011. Talbot, P.; Thompson, S.L.; Schroeder, W.; Isabel, N. Can. J. For. Res. 41:1102-1111.

Année : 2011

Disponible au : Centre de foresterie des Laurentides

Numéro de catalogue : 32354

Langue : Anglais

Disponibilité au SCF : PDF (demande par courriel)

Résumé

L’hybridation est fréquente chez les peupliers et rend parfois difficile leur identification. Au cours du dernier siècle, plus de 32 millions de peupliers, principalement hybrides, ont été distribués dans l’écozone des Prairies canadiennes rendant la confirmation de leur identité génomique nécessaire. Nous avons développé une puce de génotypage permettant de diagnostiquer rapidement quatre espèces compatibles du genre Populus (Populus balsamifera L. et Populus deltoides Bartr. ex Marsh. : indigènes, Populus laurifolia Ledeb. et Populus nigra L. : exotiques) et leurs hybrides retrouvés dans cette écozone. Nous avons d’abord séquencé 23 régions génétiques d’individus provenant des aires de distribution naturelle pour découvrir des SNPs (single nucleotide polymorphisms) spécifiques des espèces. Ensuite, nous avons validé un ensemble de 26 SNPs diagnostiques en génotypant 198 arbres provenant de populations naturelles, ainsi que 30 clones distribués par le Centre de Développement de l’Agroforesterie d’Agriculture et Agroalimentaire Canada depuis 1910. L’ensemble de SNP développés possède la résolution nécessaire pour identifier correctement les quatre espèces pures étudiées et leurs hybrides. Il nous a permis de confirmer l’identité de clones d’origine connue, d’hybrides complexes à composantes exotiques, et la paternité de descendances issues de pollinisation libre. Cet outil diagnostique devrait s’avérer utile pour obtenir rapidement des empreintes moléculaires de matériel utilisé dans des programmes de sélection et pour des études de flux génique dans les Prairies canadiennes.

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