Publications du Service canadien des forêts

Multiplex real-time polymerase chain reaction (PCR) for detection of Phytophthora ramorum, the causal agent of sudden oak death. 2009. Bilodeau, G.; Pelletier, G.; Pelletier, F.; Lévesque, C.A.; Hamelin, R.C. Can. J. Plant Pathol. 31: 195-210.

Année : 2009

Disponible au : Centre de foresterie des Laurentides

Numéro de catalogue : 30109

La langue : Anglais

Disponibilité au SCF : PDF (demande par courriel)

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Abstract

Depuis 1995, le Phytophthora ramorum cause une maladie appelée l'encre des chênes rouges (la mort subite du chêne) en Californie et en Oregon. Cet agent pathogène affecte des dizaines de milliers de chênes sur de grandes superficies et peut infecter plus d'une centaine d'espèces végétales. Des mesures de quarantaine ont été mises en place et il est très important pour les agences réglementaires de détecter rapidement et efficacement cet organisme avant qu'il ne cause de sérieux problèmes. Des essais moléculaires ont été développés au cours des dernières années et il a été démontré que la redondance, qui utilise plusieurs régions géniques du P. ramorum, augmente l'habileté à détecter l'agent pathogène. Cependant, ces essais nécessitent la réalisation de plusieurs réactions en chaîne de la polymérase (PCR) pour analyser un seul échantillon. Afin d'améliorer la détection du P. ramorum, les trois sondes TaqMan ont été multiplexés avec une quatrième sonde TaqMan spécifique du genre Phytophthora en une seule réaction. Un deuxième essai multiplexe pour détecter les oomycètes et donner une réaction PCR positive en précence d'ADN végétal a été conçu et testé en conjonction avec l'espaceur transcrit interne (ITS) du P. ramorum et la sonde TaqMan spécifiques au genre Phytophthora. Ces essais ont été réalisés avec différentes espèces de Phytophthora et ont été vérifié sur deux ensembles d'échantillons de terrain ayant auparavant fait l'objet d'essais par d'autres laboratoires. Ces échantillons de terrain provenaient de plusieurs hôtes infectés par différentes espèces de Phytophthora et de l'ADN extrait de lysats d'ELISA. Tous les échantillons connus de P. ramorum provenant de cultures pures ou d'échantillons de terrain ont été détectés en utilisant les sondes PCR multiplexes en temps réel. En général, les sondes TaqMan multiplexes présentaient une plus faible sensibilité que les réactions séparées. Toutefois, les essais multiplexes détectaient quand même le P. ramorum de façon précise tout en réduisant les coûts et en augmentant le débit d'analyse.