Publications du Service canadien des forêts

Identification and molecular characterization of a new double-stranded RNA virus infecting Chondrostereum purpureum. 2008. Shamoun, S.F.; Varga, A.; Valverde, R.A.; Ramsfield, T.D.; Sumampong, G.; Elliott, M.; Masri, S.; James, D. Canadian Journal of Plant Pathology 30(4): 604-613.

Année : 2008

Disponible au : Centre de foresterie du Pacifique

Numéro de catalogue : 29371

La langue : Anglais

Disponibilité au SCF : Non disponible (cliquer pour plus de détails)

Disponible sur le site Web de la revue ou du journal.
DOI : 10.1080/07060660809507561

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Résumé

Un nouveau virus ARN double brin (dsARN), désigné virus cryptique Chondrostereum purpureum (CPCV), de la famille Partitiviridae, a été identifié dans le basidiomycète Chondrostereum purpureum. Il ne semble pas que le virus soit très répandu et il a été détecté que dans 1 isolat (PFC2064) de C. purpureum sur 20 échantillonnés. Une visualisation au microscope électronique a montré des particules isométriques de virus d'environ 30 nm de diamètre. L'analyse d'ARN double brin purifié a révélé deux bandes distinctes qui étaient clonées et séquencées. L'ARN1 double brin contenait 1920 paires de bases (pb) et le dsARN2, 1757 pb, excluant les queues polyA situées à l'extrémité 3' de chaque fragment. Chaque ARN contient un seul cadre ouvert de lecture (ORF) comprenant de courtes régions 3' et 5' non traduites, 44 et 115 nucléotides (nt) et 90 et 227 nt, respectivement. La protéine déduite (Mr = 68,1 kDa) de 587 acides aminés (aa) encodée par l'ORF du dsARN1 était homologue à l'ARN polymérase ARN dépendant (RdRp) des virus de la famille Partitiviridae. Huit motifs associés à la RdRp ont été identifiés, incluant la séquence GDD très bien conservée. L'ORF du dsARN2 encode la sous-unité putative de la protéine de coque (480 aa, Mr = 52,8 kDa). L'analyse BLAST de la séquence de nucléotides du dsARN2 n'a révélé aucune correspondance dans la GenBank. Toutefois, un faible taux d'identité (16 % à 24 %) pour la séquence d'acides aminés CP de CPCV a été observé relativement aux membres de la famille Partitiviridae. Le profile dsARN, les alignements des séquences d'acides aminés de même que les analyses phylogénétiques indiquent que CPCV ressemble fortement aux organismes du genre Alphacryptovirus de la famille Partitiviridae.