Publications du Service canadien des forêts

Sequence analysis and organization of the Neodiprion abietis nucleopolyhedrovirus genome. 2006. Duffy, S.P.; Young, A.M.; Morin, B.; Lucarotti, C.J.; Koop, B.F.; Levin, D.B. Journal of Virology 80: 6952-6963.

Année : 2006

Disponible au : Centre de foresterie de l'Atlantique

Numéro de catalogue : 26351

Langue : Anglais

Disponibilité au SCF : Commander une copie papier (gratuite)

Résumé

Des 30 baculovirus dont le génome a été séquencé à ce jour, les seuls qui ne s'attaquent pas aux lépidoptères sont le nucléopolyhédrovirus qui infecte le diptère Culex nigripalpus et deux nucléopolyhédrovirus qui infectent les diprions (hyménoptères) Neodiprion lecontei (NeleNPV) et Neodiprion sertifer (NeseNPV). La présente étude fournit une séquence complète et une analyse du génome du nucléopolyhédrovirus qui infecte le diprion du sapin (Neodiprion abietis [Hymenoptera, Symphyta, Diprionidae]). Le génome de ce nucléopolyhédrovirus (NeabNPV) est constitué de 84 264 pb avec un contenu de G+C de 33,5 % et il comprend 93 cadres de lecture ouverts prédits (ORF). Onze ORF prédits sont uniques à ce baculovirus, 10 ORF ont un homologue de séquence présumé dans le génome de NeleNPV, mais pas dans le génome de NeseNPV, et 1 ORF (neab53) a un homologue de séquence présumé dans le génome de NeseNPV, mais pas dans le génome de NeleNPV. Des séquences répétées particulières coïncident avec d'importantes recombinaisons génétiques qui distinguent NeabNPV et NeleNPV. Les gènes associés à ces séquences répétées codent pour un motif d'acides aminés commun, ce qui suggère qu'ils constituent une famille de gènes contigus répétés. Les baculovirus qui s''attaquent aux lépidoptères ont également une famille de gènes répétés, la famille de gènes bro. Il n'existe toutefois pas d'homologie importante entre les séquences de NeabNPV et des gènes bro. Les homologues de gènes précoces, tels ie-1 et lef-3, étaient absents chez NeabNPV, comme ils le sont dans les génomes déjà séquencés de baculovirus qui s'attaquent aux hyménoptères. Des analyses des séquences en amont des ORF ont permis d'identifier des gènes potentiellement distincts sur le plan temporel sur la base d'éléments du promoteur présumé.

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